Ob Du die Originallackierung erhälst, kannst nur Du entscheiden. Ich bin der Meinung, dass ein mehrere Jahrzehnte altes Motorrad sein Alter auch zeigen darf und ein paar Rostpickel nicht stören, zumal es genügend Mittel und Methoden gibt, Patina zu erhalten, d.h. weiteren Verfall zu verhindern. Auch hierzu kannst Du im Forum vieles finden. Wenn es vertretbar ist, erhalte ich inzwischen den Originalzustand wo es geht. Letztlich ist Geschmackssache. Ein Tank im Originallack wird sich finden lassen...
Der 4-Gang Motor unterscheidet sich vom 3-Gang Motor dadurch, dass oben auf der rechten Gehäusehälfte kurz hinter dem hinter Zylinder an der Aussenkante ein rechteckiger Ausschnitt sich befindet in den ein Gummiteil zur Belüftung des "Limagehäuses" eingesetzt wird/ist. Der Zylinder des 3-Gang-Motor hat ein angeformtes Rohr auf das der Vergaser geseteckt wird. Beim 4-Gang Motor ist dort ein Flansch auf welchen ein Ansaugstutzen geschraubt. Ich meine, auf dem Bild am Zylinder besagtes Rohr zu erkennen, deshalb meine Vermutung, dass es ein 3-Gang Motor sein könnte.
Wenn Du zu dem Scheinwerfer mit intergriertem Zündschloss den "Rest" der Elektrik hast, würde ich ihn dran lassen und unter "zeitgenössischem Umbau" verbuchen. An meiner RT ist auch ein Spulenkasten verbaut, der für das Bj eigentlich zu alt ist.
Was meinst Du mit Gummikettenschutz? /2 und /3 hatten Kettenschläuche. Der hintere Kettenkasten, die Anlenkung der HR-Bremse und der rechte Seitendeckel des Motors unterscheiden sich zwischen /2 und /3 aber.
Wegen des HR-Schutzbleches: Auch da gibt es wegen des unterschiedlichen Batteriekastens Unterscheide zwischen /2 und /3.
Jetzt kannst Du mit Herrichten loslegen...

@Tony-beloni:
Ich fand es besonders männlich, bei meiner letzten Ausfahrt als massive Fehlzündungen aufgetreten sind, unter mich zu greifen, am Zündschlüssel im Originalspulenkasten zu hantieren um die Zündung während des Ausrollens abzustellen. Es hatte was artistisches. Die Passanten haben das wohl auch so gesehen...

Zweiraedrig: Adler MB 250 BJ 54 (Großbaustelle), NSU Quickly Bj 55 (restauriert), Miele K52/2 Bj 59 (restauriert), MZ RT 125/3 Bj 59 (Patina-restauriert), MZ ES 175/0 Bj 1960, IWL Berlin Bj 62 (Patina-restauriert), MZ ES 150 Bj 64 (in Warteschleife)