Wenn man die Lenkerarmaturen etwas senkrechter stellt, müßte es mit der Lenkerverkleidung in Originalposition funktionieren ohne die Armaturen tauschen zu müssen. Ich finde, daß die Armaturen der RT gut stehen und werde sie an meiner auch montieren, das sie zum einen beim Kauf der Maschine schon montiert waren (da befand sich die Lenkerverkleidung auch in Originalposition). Zum anderen ist im Fall der Fälle (der hoffentlich nie eintreten wird) das Verletzungsrisiko im Vergleich zu den Originalhebeln reduziert.
Der Grund für die Höherlegung der Lenkerverkleidung könnte auch gewesen sein, Geräusche durch Vibrationen zu vermeiden bzw. zu reduzieren.

Im Windmühlenfred findest Du Fotos von Ralles und Tilos RTs mit Original-Lenkerarmaturen, Die Hebel gibt's es als Nachfertigungen (besser welche mit Stahlbuchse nehmen oder selber Stahlbuchsen einbauen, wenn Du die Möglichkeiten dazu hast). Die Sockel für die Hebel gibt's wohl auch als Repros (bin aber nicht 100%ig sicher). Original-Armaturen sind teuer.
Original-Spulenkästen sind schwer zu finden und teuer. Wenn Du nur ein einzelnes Zündschloss brauchst, wird es noch schwieriger. Das Bakelit ist enorm empfindlich. Ich mußte mein Zündschloss reparieren und habe mich gewundert, was daran alles kaputtgehen kann. Ich würde mir an Deiner Stelle daher überlegen, ob ich einen Umbau tatsächlich machen würde, insbesondere dann, wenn ich das Moped im Alltag nutzen möchte. Nobbi hat dazu ja auch schon was geschrieben.
Das Kabel für das Rücklicht verlief (soweit ich weiß) rechts unter der Außenkante des Schutzbleches und war an den kleinen länglichen Schlitzen im Schutzblech wohl mit Blechstreifen befestigt. Was ich auch schon gesehen habe, ist, dass das Kabel an der Schutzblechstrebe entlang verlegt und mit Gothaplast fixiert war. Ob das original so war, weiß ich nicht (gehe mal nicht davon aus). Vielleicht wissen die RT-Historiker im Forum hierzu genaueres.
In meinen Augen sind das aber alles nur Kleinigkeiten, die sich mit geringem Aufwand beheben lassen (vom Umbau der Elektrik mal abgesehen) und nichts daran ädern, dass Du ein schönes Moped gekauft hast.

Zweiraedrig: Adler MB 250 BJ 54 (Großbaustelle), NSU Quickly Bj 55 (restauriert), Miele K52/2 Bj 59 (restauriert), MZ RT 125/3 Bj 59 (Patina-restauriert), MZ ES 175/0 Bj 1960, IWL Berlin Bj 62 (Patina-restauriert), MZ ES 150 Bj 64 (in Warteschleife)